В 2000 году Александр Никитин под руководством академика А.В. Петрикова защитил кандидатскую диссертацию на год раньше срока (2000 г.) и был оставлен работать в институте.
В 2008 году Александр Никитин защитил докторскую диссертацию на тему «Государственная поддержка страхования сельскохозяйственных рисков: теория, методология и практика».
17 июля 2009 года ему была присуждена ученая степень доктора экономических наук.
17 февраля 2010 года Никитину присвоили ученое звание профессора по кафедре организации и управления.
Также Александр Никитин успел поработать научным руководителем и в этом качестве подготовил 7 кандидатов экономических наук.
В рамках своей научной деятельности Александр Валерьевич написал 85 научных работ, в том числе 8 монографий.