В 2000 году, сразу после защиты кандидатской диссертации Александр Никитин стал работать консультантом
В 2003 его назначили начальником управления страхования сельскохозяйственных рисков открытого страхового акционерного общества «Россия».
С 2004 работал проректором по экономике и инновациям Мичуринского государственного аграрного университета.
С 2009 по 2011 год — ректор Мичуринского государственного аграрного университета.
В 2008 году защитил докторскую диссертацию на тему «Государственная поддержка страхования сельскохозяйственных рисков: теория, методология и практика».
В 2010 году был избран депутатом Мичуринского городского Совета депутатов четвертого созыва.
В марте 2011 года избран депутатом по Мичуринскому одномандатному избирательному округу № 7.
В марте 2011 года его назначили председателем Тамбовской областной Думы пятого созыва.
С июня 2011 года — секретарь регионального политического совета Тамбовского регионального отделения политической партии «Единая Россия».
25 мая 2015 года назначен временно исполняющим обязанности главы администрации Тамбовской области после отставки Олега Бетина.